La Iglesia y Convento de San Francisco, es un conjunto religioso que forma parte de los templos y conventos que la Iglesia Catlica edific en el Per, en su misin difusora de la fe cristiana, hacia los nuevos pueblos conquistados.
Segn la historia, el primer edificio que se construy fue el de la iglesia; la iglesia del conjunto, es una construccin diseada por Gaspar Bez, cuya construccin fue iniciada en el ao 1569. El primer templo estuvo concluido aproximadamente a inicios del siglo XVII, no obstante, la estructura se vio daada en el terremoto que sobrevino a esta zona en 1608. Este primer sismo de grande magnitudes, hizo que el inicial esplendor del templo se viera bastante reducido; pese a obras de reconstruccin hechas a la posteridad, finalmente, tras el terremoto de 1687, esta iglesia tuvo que ser casi totalmente reconstruida; se aprovech esta segunda reconstruccin del templo, para agregar a aquel, una serie de atributos arquitectnicos que, todava hasta la fecha forman parte del edificio.
Estructuralmente, el templo y convento que ha llegado hasta nosotros, es una construccin hecha a base de sillar y ladrillo; del templo, destaca la torre que aquel presenta, en la que se pueden observar las imgenes de la Virgen de la Inmaculada Concepcin, San Francisco de Ass y Santo Domingo de Guzmn, esculpidos finamente el mismo frontis, bajo el uso de la tcnica del bajorrelieve.
Interiormente, la iglesia reluce esplendor, gracias a la presencia de un bello altar de plata que se ve acompaado de efigies de diferentes personajes incluidos dentro del culto catlico. Como parte de las divisiones internas del conjunto monumental, que incluye el convento, se presenta tambin, como un rea destacada, la zona destinada a la biblioteca; sobre aquella, se sabe, que conserva en sus estanteras, un conjunto de ms de veinte mil libros, muchos de los cuales se hallan en calidad de incunables.
Actualmente, dentro del rea del antiguo convento, se encuentra asentado un museo, que es conocido con el nombre de Museo de Arte Sacro; aquel, se halla conformado por tres reas claramente reconocibles, la primera es la Sala Arqueolgica y Antropolgica, en la cual se observa la exposicin de piezas de origen inca; y la segunda Sala de Historia Natural, en la cual se albergan piezas zoomorfas de la selva peruana; y el Museo de Arte Religioso, donde adems de la biblioteca del templo, se aloja una valiosa coleccin de lienzos, ornamentos y esculturas de ndole religiosa que, en su momento, embellecieron los grandes muros de la iglesia.
Quien quiera conocer esta hermosa iglesia, y el museo que ahora ocupa sus claustros, necesita dirigirse hasta la primera cuadra de la calle Zela.